土地売却時の税金はいつ払う？納税スケジュールと節税方法を解説！

土地の売却時には印紙税や登録免許税などの税金が生じますが、それぞれで支払う手段やタイミングは異なります。特に利益が出た際には、所得税や住民税も納税するので注意が必要です。
本記事では各税金の納税方法と、所得税や住民税に向けた節税対策をご紹介します。

土地を売却する際には、必ずいくつかの税金が発生します。
場合によっては納税の必要がない種類も出てきますが、売却時のコストでは、仲介手数料や測量費などの費用に加えて税金面も考慮しておきましょう。
ここからは、土地売却時の税金はどのように支払うのか、具体的なスケジュールもあわせて詳しく解説していきます。

土地売却時の納税は税金の種類によって異なる

まず土地の売却で生じる税金は、印紙税・登録免許税・所得税（復興所得税を含む）・住民税の4種類です。
なお所得税と住民税は、土地を売却した利益に対する税金です。要するに売却価格から一定の必要経費を差し引いて、ゼロまたはマイナスになれば、所得税と住民税は納める必要がないので覚えておきましょう。

土地売却時の税金の支払い方法

ではここからは、各税金をどう支払うのか、大まかな目安とタイミングを見ていきましょう。

1.印紙税

印紙税は、法律上で定めた特定文書（金銭の領収書や契約書など）の取引に掛かる税金です。基本的に不動産売買契約書には、印紙税が発生します。
また具体的な金額は契約金によって異なり、仮に1000万円超え5000万円以下なら、印紙税は2万円です。5000万円超え1億円以下であれば、6万円の印紙税が生じます。
ちなみに、不動産売買における印紙税には軽減措置が設けられ、平成26年4月1日から令和6年3月31日までに作成された不動産売買契約書には軽減税率が適用されます。

成約価格に応じた印紙税額（購入する収入印紙の金額）は、下表をご確認ください。

なお印紙税は、収入印紙を購入して納税します。収入印紙を書類に貼り付けて納税完了となるので、支払うタイミングは契約時です。
また印紙税が発生するのは契約書原本のみなので、場合によっては売り主側の控えをコピーにして、収入印紙を節約するケースもあります。
ただ何かトラブルがあったときの備えのためにも、買い主・売り主ともに原本を保管しておくのが無難でしょう。
ちなみに印紙税は、買主と売主で折半して支払うのが一般的です。

2.登録免許税

登録免許税は、不動産の所有権に関連する税金です。所有権の移転や保存があったときには、登録免許税が発生します。
なお土地売却時には所有権の移転登記が必要で、基本的に税額は、固定資産税評価額（固定資産課税明細書に記載）×税率（1000分の20）の計算で算出可能です。

ただし所有権移転登記の登録免許税は、一般的には買主が支払います。さらに土地の購入にローンを使っている場合には、返済の保証として抵当権が設定されています。
売却する際には、この抵当権を外さなければならないので、抵当権抹消の登録免許税が必要です。なお、抵当権抹消登記の登録免許税には20,000円の上限が定められています。
また抵当権の抹消には、土地1筆につき一律1,000円の登録免許税が生じます。

▼抵当権抹消費用

いずれも納税のタイミングは、各種登記の手続き時です。

3.所得税・住民税

先ほども出てきたように、所得税・住民税は土地の売却で利益が出たときに発生するものです。土地の売却益は譲渡所得となるため、確定申告（売却の翌年2月16日～3月15日）の時期に所得税を支払います。住民税は売却の翌年6月以降に納付通知書が来るので、その内容に沿って納税する流れです。
なお税額は、実際に売却した価格から、取得・譲渡費用を差し引いて算出します。具体的な計算式は、以下のとおりです。

{売却価格-取得費（購入額）-譲渡費（仲介手数料他）}×所得税・住民税の税率

ちなみに一定の要件に該当する場合には、売却価格からさらに特別控除額を引くことも可能です。

土地売却時に節税するための3つのポイント

以上のように税金の中でも印紙税や登録免許税は、基本的に節税できません。ただし売却して利益が出た場合には、所得税や住民税は節税の余地があります。
では次からは、所得税と住民税を抑えるコツを見ていきましょう。

1.取得・譲渡費用を明確にする

所得税も住民税も売却益に対して発生するので、できるだけ売った価格から費用を差し引くことで節税できます。
ちなみに売却に掛かったコストには、境界確定の測量費や空き家の解体費なども含むことが可能です。

2.売却するタイミングを見計らう

土地の売却では、所有期間に応じて所得税・住民税の税率が異なるのもポイントです。
具体的には売却した年の1月1日時点で5年を超えていると、5年以下の場合よりも、所得税・住民税をあわせて約20％税率が低くなります。
かなり大幅に軽減されるので、節税のためには売却するタイミングも重要です。

3.特別控除や軽減税率の特例を活用する

住居を取り壊した土地を売る場合には、売却価格から上限3000万円差し引きできる特別控除が適用されるケースもあります。
また一定の条件はありますが、相続した土地の売却でも特別控除が使えることもあります。
いずれにしても売却益が3000万円を超える際には、特別控除を利用した節税が可能です。

この他にも、特例要件を満たす土地の売却で、特別控除や軽減税率が認められる場合があります。

詳しくは国税庁のホームページをご確認ください。

→国税庁 (nta.go.jp)

まとめ：土地売却時の税金は十分な事前準備で節税を

土地の売却では印紙税や登録免許税の他、利益が出れば所得税と住民税を支払わなければなりません。
特に所得税と住民税は、確定申告に伴って納税しますが、それぞれでタイミングが異なるので注意しておきましょう。
また所得税・住民税は、土地の取得費用など、さまざまな条件次第で大きく節税できます。
高額で売却できそうな際には、しっかりと税申告に備えて、必要な情報をそろえておきましょう。